細胞を傷つける能力のある化合物等を変異原性物質と呼んでおり、このような物質は、照射、非照射にかかわらず、食品中に含まれている。さらに、変異原性物質は、安全性が認められている昔からの食品処理技術によっても生成し、例えば、燻製は細胞を傷つける化合物を含んでいる。しかしながら、膨大な研究が行われたにもかかわらず、昔からの方法で処理した食品と比べて照射食品の方が変異原性物質を多く含む危険性が増加するという証拠は何もない。